Aus unterschiedlichen Gründen kann es notwendig und sinnvoll werden, die rechtliche Struktur einer Unternehmung anzupassen. In vielen Fällen ziehen solche Umwandungen auch steuerliche Folgen nach sich. Vor allem dann, wenn die steuerlichen Rahmenbedingungen im Vorfeld nicht sorgfältig geprüft werden, können in finanzieller Hinsicht böse Überraschungen drohen: So kann es beispielsweise zur Besteuerung der stillen Reserven (also dem Unterschiedsbetrag zwischen aktuellem Marktwert und steuerlichem Buchwert) kommen oder bestehende Verlustvorträge gehen ungenutzt unter. 

Grundsätzlich kennt das Steuerrecht Regelungen, die dies vermeiden. Diese finden sich insbesondere im Umwandlungssteuergesetz. Will man die Besteuerung der stillen Reserven vermeiden, gelingt das häufig durch den sogenannten Buchwertansatz, d. h. die bisherigen Buchwerte werden durch die übernehmende Gesellschaft "einfach weitergeführt". Wenn dagegen Verlustvorträge bestehen, kann es vorteilhaft sein, alle oder einen Teil der stillen Reserven aufzudecken, um so die Verlustvorträge zu nutzen, bevor sie möglicherweise ungenutzt untergehen. 

Die Regelungen, wann der Buchwert angesetzt werden darf, sind teils sehr komplex und oft uneindeutig. In der Regel sind zusätzliche Formalitäten wie ein rechtzeitiger Buchwertantrag erforderlich. 

Unter bestimmten Voraussetzungen kann eine Umwandlung bis zu acht Monate rückwirkend vorgenommen werden. Dabei ist zu beachten, dass im sogenannten Rückwirkungszeitraum Sonderregelungen bestehen, wie z. B. eine beschränkte Verlustnutzungsmöglichkeit. 

Ein Thema, dass in der Praxis oft stiefmütterlich behandelt wird, sind Umwandlungskosten. Hier ist darauf zu achten, dass diese vom "richtigen" Rechtsträger getragen werden, damit sie steuerlich bestmöglich genutzt werden können. Ein Abzug als Betriebsausgaben ist nämlich bei Weitem nicht selbstverständlich.

Aktuell gibt es im Umwandlungssteuergesetz durch das Jahressteuergesetz 2024 verschiedene Änderungen. Außerdem wurde der Umwandlungssteuererlass der Finanzverwaltung erstmals seit 2011 überarbeitet. Die Neuerungen sind teils erfreulich, da sie bestehende Unklarheiten beseitigen oder für die Steuerpflichtigen vorteilhaft sind, teils machen sie aber -wie so oft -  auch die ohnehin schon komplexe Umsetzung noch schwieriger.